O nome do município originou-se da língua tupi-guarani, cujo significado é Clareira Branca ou Campo Branco. O primeiro nome da comunidade foi Fachinal Branco, dado pela Companhia Colonizadora Selbach & Kröef. Mais tarde, mudou para São Luiz (homenagem ao primeiro colonizador), depois passou a se chamar Iomerê.
Em 1912, o trem para na estação de Pinheiro Preto, onde desembarcaram várias famílias, instalando-se num campo aberto pelos índios e caboclos, denominado Fachinal Branco.
Aos poucos, outras famílias vieram juntar-se aos pioneiros, trazendo suas mudanças em cargueiros. Ao chegarem, derrubaram pinheiros, serraram manualmente as tábuas, fizeram suas casas cobertas com tabuinhas. Assim Fachinal Branco, foi sendo povoado. Chegaram famílias e mais famílias abrindo clarões na floresta, abrem-se picadas, o transporte passa a ser feito por carroças fechadas por parelhas de bois ou mulas.
O comércio é insipiente a produção se baseia na extração de erva mate, com alguns carijós para secagem e pilões para soque.
Na agricultura, o milho foi o primeiro produto a ser plantado através de um processo muito rudimentar. Até a colheita ficar pronta, os pioneiros serviam-se da caça para alimentação, já que era abundante na região. As próprias famílias fabricavam seus utensílios domésticos: a gamela, o pilão, os armários e móveis, pois não havia pessoal especializado no ramo.
Nesta região, tudo o que era produzido, também era aproveitado pelas famílias, como a palha de trigo e milho na confecção de colchões, chapéus e cestos.
Em 1917, Fachinal Branco é elevado a Distrito, sendo que o primeiro registro de nascimento se deu em 18 de dezembro de 1917. Assim Fachinal ia adultando.
Por volta de 1923, com os que chegaram, vieram também músicos. Às instâncias destes, surgiu uma banda de musica com o nome de Santa Cecília. Era ela quem abrilhantava as festas da localidade e em inúmeros outros lugares. Foi ainda ela que solenizou a instalação do município de Caçador.
Em 1935, um acontecimento marca São Luiz: a chegada dos Padres Camilianos. À chegada dos Camilianos segue-se a vinda das Irmãs Marcelinas.
A 1º de maio de 1944, São Luiz volta a ter seu nome de origem: Iomerê, dito em Tupi-Guarani, que significa Fachinal Branco.
Iomerê sempre foi um lugar privilegiado pela configuração da natureza. Lugar alto e cercado por elevações que emprestam um colorido verde maravilhoso. É uma concha verde aberta para um dos lados, onde se avistam as ondulações das montanhas a perder de vista.
Iomerê pertenceu a vários municípios devido aos constantes desmembramentos no estado. Primeiramente pertenceu a Porto União, depois Campos Novos, mais tarde a Joaçaba e finalmente a Videira.
A partir do final da década de 80, com a ligação asfáltica entre Videira, Arroio Trinta e Salto Veloso, começou-se a pensar em sua emancipação. A consulta popular (plebiscito) para emancipação do então distrito de Videira aconteceu em 19 de março de 1995, e neste ano, em 20 de julho a Lei Estadual nº 9.898 criava o município de Iomerê.